主人公が転移した先は日本の戦国時代。なぜだかそこは人と人が争うだけではなく、人と妖の戦いまで繰り広げられていた。 行く場所も何も無い主人公は見習い巫女として、柳生宗厳たちと妖退治に身を投じる。 京の土御門家では、若き当主 有脩が妖討伐のため、そして自分より有能と評されている妹 清子に対する対抗心から古の巫女卑弥呼を召喚していた。 卑弥呼の術を宿した破魔矢は清子の破魔矢に匹敵する能力を発揮し、その破魔矢を有脩から法外な価格で買った主人公は強大な鬼を撃退する。 その頃、土御門の家を捨てた清子は摂津、河内、大和の地を巫女姿で彷徨い、卑弥呼が妖たちを海に逃がした事を非難するために魏に送った使者がお詫びとして持ち帰った妖討滅の法具 三角縁神獣鏡を探し歩いていた。 将軍となった足利義昭はまだ覚慶と名乗り仏門に入っていた頃より亡き兄 義輝、明智光秀と共に行っていた妖討伐に引き続き精力を傾ける。 そんな義昭を妖狐に操られた三好三人衆が襲撃する。 三好勢の反乱軍を将軍方は一度は撃退するも、妖を敵視する本願寺までが三好勢と手を組み、信長包囲網を形成し、妖狐側に立って戦う事を決める。 神レベルの妖さえ封印する力を持つ三角縁神獣鏡。その使用には強大な力を持つ二人の巫女の連携が必要である。 三角縁神獣鏡を手に入れた清子は主人公たちを襲う風神を相手に三角縁神獣鏡を使用するが、もう一人の連携する巫女として、召喚された卑弥呼ではなく、主人公をその相手に選ぶ。