現在の地球上活動人口は、およそ40億人。 人の脳をCPUと定義した世界では、脳内CPUをいくつもネットワーク上で繋げ、仮想集積CPUとして生活のあらゆる演算処理に活用している。そして世界の半数、およそ20億人がこの仮想集積CPUに参加する世の中で、素粒子加速器エンジニアの九重咲季には、他者には言えない秘密があった。 　あるとき、素粒子加速器研究の最高機関LQPA内で働く彼の許に、彼の秘密を知る人物が訪れる。咲季には、過去一夜の内にしてあらゆる兵器を使用不可にして世界大戦を止めた過去があった。諜報部員である彼、秋野諒は咲季のその過去に興味を持ち、ある事件の調査協力を依頼する。 　事件はソフトウェアや仮想に特化していく世界に逆行し、物理的に引き起こされており、その前時代的な特徴に、咲季も興味を持つ。互いに利害が一致し、協力し調査を進める内に、事件は思わぬ方向へ進んでいく。