神を信じない男。 そんな男が神の補佐官に？ むしろ神の補佐って？ 苦悩の絶えない補佐官のドタバタストーリー。

「――だから、ぼくは殺そうと思う。過去の自分自身を」 　　　＊　　　　＊　　　　＊ 　一九九九年　十二月一日。 　病院の白いベッドの上で目覚めた２３歳の青年、狭間透一郎（はざまとういちろう）には、自分にまつわる一切の記憶がなかった。 　自分がどこの誰だか、わからないのだ。 　記憶を失くした透一郎を心配するおっちょこちょいな美人看護婦、かえでさんの献身的な看病や、どっしりとした体格の剣持（けんもち）医師の懸命な治療の甲斐もあり、どうにか健康状態は快復するも、一向に記憶が戻る気配はない。 　手がかりと言えば、透一郎の身分を証明する学生証と保険証、そして、一冊のメモ帳のみ。 　シンプルな黒い装丁のメモ帳には、未来の行動を指定する予定がいくつも書かれていた。 『十二月二日午後二時五十分　瀬津大学附属病院Ａ棟資料室に行け』 『十二月三日午前四時十分　瀬津大学附属病院Ａ棟裏庭に行け』 　この内容に、透一郎は首を傾げる。一切覚えがないからだ。 　これらの記述は、記憶をなくす前の自分が書いたものなのか、それとも……。 　わからないことは、それだけにとどまらない。 　日毎に見る、知的生命の生成を目的とする謎に満ちた『プロジェクト』の夢と、自分が犯す生々しい『殺人』の夢。 　未来のことを知るという、ウサギのぬいぐるみを抱いた謎の少女と、車椅子に乗った盲目の老人が、次々と透一郎を追い詰める。 　極めつけは、透一郎が目覚めた病室の机に置いてあった謎の機械――。 『時間転送試作装置』 『これを用いれば、使用者は任意の時間に移行することが可能であり、並行世界を生成することが可能である』 　円形の物体が踏み潰されたような歪な形状の小さな機械には、そのように書かれたメモ用紙が付随していた。 　一体、これは何なのか？ 　自分が記憶喪失になった事と、何か、関係があるのか？ 　疑心暗鬼の透一郎の背後に忍び寄る、かつて世間を震撼させた『Ａ』という殺人鬼の影。 　そして、その殺人鬼を追うという銀髪の少女、拝戸美羽（はいどみう）との出会いが、透一郎の運命を大きく変える。 　失われた記憶を一刻も早く取り戻すため、透一郎は、精神科医の有馬（ありま）医師から処方された薬を服用するが……。 　――彼は、まだ知らないでいた。 　自分が、『時間』にまつわる大きな陰謀の渦に巻き込まれていることに。

高校二年生の霧島裕也は学校の休み時間になると、ノートに頭に浮かんだ世界を描いていた。クラスメイトから馬鹿にされているとき、白い服を着ているであろう人型が現れる。その人型とともに神界に連れていかれる。そこには世界生成機があり、裕也は自分が思う世界を作り上げていく。