現代の高校生である『俺』は電車事故に巻き込まれ、ネット小説でよく見る過去の日本へ――魂だけ江戸時代へ――遡ってしまう。それも島原の乱の起きる半年前、周囲の人達は自分を「四郎様」と呼ぶ。 …もしかして俺、天草四郎ですか？？ わずか半年の準備期間では知識チートも生かせず乱が発生。皆と一緒に死ぬ覚悟をしてたが、史実に於ける乱の最終日、混戦に紛れるようにして剣聖宮本武蔵と慶安の変の主役である由比正雪が目の前に現れる。 この戦いで死んでいった者達の為にも生きよ、と説く武蔵の言葉に動揺する俺。 そして正雪が女であると知り、彼女を謀反人として死なせない為に…そしてこの戦いで死んでいった者達が望んでた世を今度こそ作ろうと、生きて歴史改変を為すことを誓う。 …一方、江戸では天草四郎が生きていることに気付いた元大目付柳生但馬守と老中松平伊豆守の二人が、剣の達人柳生十兵衛に『怨霊討伐』を命じる。 この時代に生きる有名人（後に有名になる人含む）を巻き込み、歴史を変える戦いは激化していく……