一見女子にしか見えない銀髪の美少年、月代灯夜。見た目通りに女の子のような趣味を持ち、アニメや漫画で活躍する魔法少女に憧れる彼は、風の精霊しるふとの出会いをきっかけに、平穏な日常の裏で暗躍する妖(あやかし)と、それを退治する魔法少女が実在することを知ってしまう。妖に襲われた友達を救うためしるふと契約し、自身も魔法少女へと変身した灯夜は、雷を操る名家出身の先輩魔法少女、四方院樹希と協力して妖に立ち向かうことに。魔法少女になってしまった事で、大きく変わる彼の人生。妖に対抗する術者たちによって設立された全寮制の女子校、天海神楽学園への入学。男子であることを隠しての女子寮生活と、そして新たな魔法少女たちとの出会い。様々な経験を経て、灯夜はその秘められた才能を開花させていく。遅効性チート男の娘伝奇異能バトル、ここに開幕！