皇紀２６０５年（晶和２０年）、皇島国は第一次太平洋戦争を大逆転勝利で終える。その立役者は、戦神機「建御雷」とその操縦者進藤直登。 　戦神機とは操縦士の潜在的な霊力を増幅し、念信・念動・障壁・発火能力を発揮する人型兵器である。 　それから約１００年にわたり、皇島国はアメリゴ合州国との戦いを断続的に続けていた。国力は疲弊し、民力は低下し、軍の硬直・官僚の不正は蔓延し続け、それでも戦神機があるがために皇島国は勝利を続ける。 　勝てば勝つほど、貧富や身分の格差は大きくなり、差別主義・民族主義は強まっていく中、進藤の曾孫、神藤洋一郎は大きな疑問を感じながらも、軍学校を卒業し、出征する。 　皇紀２７０１年（晶和１１６年、西暦２０４１年）５月、皇島国はアラスカ州都ジュノー攻略を開始。 洋一郎は最新鋭の戦神機、凱号零式の操縦士として出撃する。 　しかし、無敵の戦神機部隊も、待ち構えていた無人戦闘機のレーザーによる集中攻撃で多数破壊されてしまう。大破し無人となった隊長機から謎の念信を受け取った洋一郎は、救助に向かい、その機内の封鎖空間から謎の少年兵を見つける。そして、自分の機体、零式にも隠されていた副操縦席にその少年兵・・・実は少女を乗せ、ともに戦うことになる。