この物語の主人公は心の性別がそれぞれ男と女のふたりの女体化男子。悪の組織を倒すまでのお話である。 舞台は楽器で魔法を唱えられる異世界。心が乙女な男子のラルゴは、悪の組織の罠によって幼馴染女子のフォルテと体が入れ替えられる。心の性別を測定されたところ、フォルテとなったラルゴの心の性別は女だと判明する。心が女の女体化男子は、コバルトプリンセスという魔法少女に変身するため、悪の組織にとって、脅威になるので命を狙われていく。サックスを武器とするラルゴはピアノを奏でるテヌートという彼氏と恋のセッションを進展させ、次々と乙女パワーを覚醒させ、敵と戦っていく。 一方で、心が熱血漢で心が男な男子、シャープは悪の組織のアジトに侵入して女体化薬を盗み女の体になり、単独行動で、組織の内部に入り込んでいく。シャープは、心が闇堕ちするとガーネットプリンスという生物兵器に覚醒し、悪の組織が戦争兵器として活用するため、悪の組織に泳がされていく。学校で、心の性別を発表されたことをきっかけにシャープはいじめを受けるようになり心の闇を深めていく。そんな中で、ラルゴの体になったフォルテは彼の心の闇を知り、陰ながら支えていく。 魔族のハーフのララは、知的な女の子。魔族差別に苦しんでいた。シャープが受けている差別を目の当たりにしたのをきっかけにマイノリティ差別を見過ごせない彼女は、女体化男子たちと親睦を深める。悪の組織が政治と行政を支配していることを見抜いたララは、ラルゴやシャープと共闘していく中、カルマポイントという人工知能のような仕組みの魔法ポイントシステムによって、悪の組織の行動原理が支配されていることを見抜く。 悪の組織の手により闇堕ちし、戦争兵器に作り変えられようとしていたシャープだったが、己の身を捨てた決死の作戦により、カルマポイントの計算式を書き換えるチャンスを作る。 後に続けと、ラルゴ、ララ、テヌートは、敵のセキュリティシステムに潜入し、カルマポイントを人間の幸福に基づいた計算式に書き換える。悪の組織はそれがきっかけでクーデターが起き、滅びる。 ララは、カルマポイントや、心の性別指数といった数字が支配する社会の欺瞞を見抜き、政治家として、差別のない社会の実現を目指すことを決意する。 ラルゴはテヌートと恋仲が進み、また、シャープはフォルテと恋仲が進み、それぞれ女の体で生きる道を進む。