海洋生物学者K博士は、突如として謎の政府機関から招集され、「マンダラ計画」という国際深海掘削プロジェクトに参加させられる。太平洋上の海洋研究施設「ヴァースキ」で、K博士は「アムリタ」と呼ばれる未知のエネルギー源の採掘に関わることになるが、その正体や目的について完全な説明を受けることはない。同僚のL博士が突然失踪し、K博士はアムリタのサンプルを偶然発見する。それを見つめると奇妙な幻覚や記憶が浮かび、掘削が進むにつれて科学者たちは皆、奇妙な夢を見るようになる。海底から初めての「発見物」が引き上げられ、K博士は徐々に施設内の不可解な現象に気づきながらも、自分の精神状態を疑い始める。