ディエス・イレ対イミュニティー決着――！ 　イミュニティーへの総攻撃を行う直前、ディエス・イレの本部は突如謎の部隊の襲撃を受け壊滅した。 　誰もが予想だにしなかったその事件から二日後。 　黒服の総帥である白居と、イミュニティーの代表である六角に繋がりがあることを知った巳名截（/曲直悟）は、六角が所有する屋内人工都市「常世国」へと来ていた。 　ディエス・イレの壊滅。六角と白居の関係。 　調査を進めるうちに、截は行方不明となっていたある人物の姿を目にする。 　ディエス・イレのボス。東郷大儀だ。 　そしてそれを境に、常世国のあちらこちらから無数の感染者があふれ出し始める。 　東郷を止めるべく奔走するうちに、截は懐かしい二人の人間と再会する。 　そしてその出会いは、彼らの運命を、未来を。ひとつの方向へと導いていた。

水憐島。そこは巨大な水族館としての面を持つ人口島だった。ここでアルバイトをしていた沖田悠樹は、ある日双子の弟である敏と父大助と数年ぶりの再会をした。だが、彼は知らなかった。それが自分たちの運命を大きく変えてしまうことに……。これまでの尋獄とは違う、全く新しい感染生物。新たな敵。セカンドブッラクドメインの存在。バイオハザードが発生したこの島で、果たして彼らは生き残ることが出来るのだろうか。イミュニティーの国鳥友も参戦し、ストーリーは大きく進んでいく。尋獄２と同時に起きていたもう一つの尋獄、是非御覧下さい！