近未来、人類は「ダークナイト」と呼ばれる異世界からの戦闘知性体の侵略を許していた。中世の騎士の甲冑を纏い、道化を模したマスクをした彼らは、一体で一個師団級の戦闘力を有し、ＣＥＲＮ跡地に出現した暗黒空間から這い出してきたのだ。夜にのみ訪れる彼らに恐怖した人々は、夜の闇を恐れ、日が沈むや否や、家に駈け隠ると固く扉を閉ざすようになった。 人類の天敵のようなダークナイトに襲われた海堂麟太郎は、窮地を漆黒のダークナイトに救われた。夜の闇の中で、それ以上に暗いそのダークナイト──ＢＪは、巨大な黒いジャックナイフと、三体の守護獣を従え、麟太郎を救うと再び闇の中に帰って行った。この時以降、麟太郎に波乱の人生が訪れることになる。