遺伝子改良によりあらゆる病を克服した強化人類『ネフィス』。完全無欠の人類として誕生したはずの彼らだったが、大きな欠陥があった。それはおよそ30年という短過ぎる寿命。ネフィス技術の生みの親である遺伝学者の組織フォーミュラは、欠陥のあるまま世界に技術を広めた事で全世界から批判が殺到した。 　しかし、フォーミュラはネフィスの延命治療を確立し、最も数の多い日本人ネフィスから選出した者たちを、治療施設へと誘致した。だが、施設へ行ったネフィスたちが帰って来ることはなかった。 　そんな中、通称『アーキタイプ』と呼ばれる旧人類の主人公、粼 馮景(せせらぎ ふうけい)は、ネフィスの幼馴染が施設から戻らず音信不通となったことを受け、単身フォーミュラの施設行きのクルーザーに乗り込んだ。しかし、その途中でクルーザーは謎の事故に巻き込まれ、粼(せせらぎ)は孤島へと漂着する。 　その島では、ネフィスの若者たちが剣や弓を持ち、未知の何かと戦うサバイバル生活を送っていた。 　粼(せせらぎ)は共に島に漂着したネフィスの澄川カンナと共に、サバイバル生活に身を投じることになる。