2019年12月、天才エリート官僚の三好恆帝(みよしつねみ)は、総理大臣の外遊に同行し搭乗していた政府専用機が墜落し、死亡した。 目を覚ますと、そこは絶対君主制国家の宮中。彼は巨大帝国の皇帝の一人息子として転生していた。 しかし転生後の彼の肉体は、どうしようもないくらい頭が悪かった。

政府は致命的なミスを犯した。それは国民に自分たちの無力を知らしめることになった。

全世界的なスピリチュアリズム（オカルト）への傾倒による反科学啓蒙主義は、人類を滅亡の危機に追いやろうとしていた。 今や後戻り不能な所まで来てしまった事を悟った世界連邦政府は、失われつつある科学技術に代わり人類を救う事の出来る『本物のオカルト技術』に基づく社会を、手遅れにならないうちに再構築する以外にないと判断した。 しかし、その求めに応じて集められたオカルト技術の中に、この要請に応えられるだけの能力を持った物を見出す事は、極めて困難であると判断せざるを得なかった。 そこで連邦政府は、オカルト技術の真偽を監査す監査官を養成し、実際の監査に当たるＳＩ（スピリチュアル・インヴェスティゲーション）局を立ち上げた。 これは、ＳＩ局監査官ケイ・アマギの苦闘の記録である。