時は20X6年、東北・南方圏に位置する浅見市の中学に通う一人のごく普通な少年・坂場剣。彼は浮いた日々を何となく生きていたが、ある日転校してきた少女・時雨砂雪と未知なる出会いを果たし、その日から周囲では様々な怪奇的現象が起こるようになる。また剣の掌には謎の紋章が現れ、超能力を持つようになると今度は見知らぬ異世界へと飛ばされ、無謀な戦いを強いられる羽目になる。その後は兄である朱雀やクラスメートの照子までをも巻き込む形で、宿敵的存在のデス・クロードと戦うことで異世界の事情を知り、成長もしていく。時には派閥争いが勃発する中で融合原石者（ユナイトシーズ）を巡って新たな事件や使徒の力、人類侵略計画阻止にも携わるようになるのだが、果たして…。人間の星・地球と、その裏で運命を司る光と闇が混同した神々の星で巻き起こる戦争が今、始まる。