江戸時代末期は慶応4年。しがない簪職人の砂羽与助は、とある夜更けに新政府軍を名乗る男たちに斬り殺されてしまう。そのまま天界で女神見習いのコーラルに異世界転生の説明を受けるも、どうにも話が噛み合わない。聞くところによると天界の時間軸では、与助の死後既に140年以上が経過しているとのこと。そして、女神アペリの予言により『江戸っ子大虐殺』によって殺された江戸町民の魂が数十万単位で天界に雪崩込むであろうこと。このままでは地球の歴史が大きく書き換えられてしまい、多くの魂が往き場を失うであろうと上司から示唆されたコーラルは、異能力“ロク”を使える与助を引き連れ渋々江戸時代へと飛び込むのであった。ミッション内容は、突如歴史の中に降って沸いた『江戸っ子大虐殺』を、再び無かった事にすること―――