魔女により発展した都市「ノクス」 就活がうまくいかず鬱屈とした日々を過ごしている大学生「アマミヤ」 帰宅途中、犯罪に手を染めた魔女「黒魔女」に遭遇する。 犯罪に巻き込まれた少女を逃がすため、「黒魔女」に立ち向かう。 黒魔女が放つ数々の魔法を受け、「死」の淵に立った時 誰かが語りかけてくるーーー「原初の魔女-アリス」 アリスの力を借りて、満身創痍ながら黒魔女を行動不能にする。 黒魔女逮捕に貢献したアマミヤに興味が湧いた「対魔女犯罪対策局」の局長にスカウトされ捜査官として魔女犯罪を取り締まることとなる。 相棒を組むこととなった魔女捜査官「ノエル」や様々な魔女捜査官と一緒に都市で起こる魔女犯罪を追っていくがアマミヤに憑いたアリスには欠点があったそれはーーーーーー「魔力が切れると眠ってしまう」 人間のアマミヤは魔力保持量が少なく、アリスの力を維持する魔力が枯渇すると眠ってしまいその間はアマミヤは魔法が使えなくなる。強力な黒魔女に苦戦をしながらもなんとか工夫をして事件を解決するアマミヤ。 事件を追っていくうち、事件の裏側に潜む巨大な闇魔女組織の存在 魔女都市「ノクス」の繁栄と共に隠蔽された真実ーーー。 魔女憑き捜査官「アマミヤ」と「対魔女犯罪対策局」が織り成す 物語が始まるーーー！！

この物語は国内に点在する犯罪組織の撲滅に向けてあらゆる知識、体術を駆使して奮闘する1人の女捜査官の任務の記録である。

　国際テロ組織。その数、国内含め数十組織以上。 全世界に展開されている構成員は数知れず。日々諜報員や戦闘員がその阻止に動いているという。 国を守る国家警察、情報を守る諜報組織、軍隊に防衛隊　etc..... 　日本国内にも国を護るため多くの部隊や組織がある。 近年、国際テロリストの活性化から事前事後の対応に即効性を与えるとして 新たな組織が警察庁内で設立された。 　日本警察庁警備局直轄対テロ専門防護機動捜査隊（Terrorism/テロ　Weapons/兵器　investigation/捜査　Defense/防衛） 通称　TWID 　元警察庁警備局国際テロリズム対策課およびNBC対応専門部隊、陸上自衛隊化学科、 など海外のテロ対策部隊経験者らをも集めた腕利きの合同精鋭チーム。 例えるなら、まるで豚骨ラーメントッピング全のせ背脂たっぷりニンニク増し増しのそれだ。 一癖も二癖もある奴らのたまり場。 　そして、その一員に望んでもないのに、入れられた男が一人。 前島　頼人（らいと）である。 前職は自衛官警務隊所属（通称MP）。頼人はある事件をきっかけに除隊し、 実家の農園を継いだが、後に警察庁対テロ課にスカウトされ、新設部隊に移動になり三年海外に暮らすことになる。そんな異色の経歴をもった彼は、現在ーー。 　性格の歪んだ女捜査官とバディを組まされ日夜、仕事の影響からか胃痛に悩まされている。 それに、部隊にはバディ以外にも癖の強い、まともじゃない奴らがたくさんいる。 　例えば、そこら辺ビルを猿みたいに登ったりするやつとか、 飼い犬よりも鼻が効くやつとか、音を反響させて場所が特定できるコウモリ野郎とか、 まんまゴリラのやつとかまるで動物園。 　そんな特殊な彼らと一緒にテロ犯罪に立ち向う、日常を守る物語。 ・・・しかし、そう簡単にはいかなかった。 その瞬間が訪れるまで気づかなかったのだ。 ついさな芽を摘むだけだ思っていた。 　僕の考えは甘かった、その日常はいともたやすく崩れ去ってしまうのだった。 　理想と現実との摺り合わせ、見たくない過去、不安な未来。 苦悩を抱えたそれぞれの捜査官・・・ 　はたして彼らはテロ犯罪を未然に防ぎ壊滅することはできるのか？ もし、あなたの目の前でテロが起きてしまったら？ 　 　あなたはどうする？

寒い国から来た美女捜査官クラウとコンビを組み、麻薬組織と接触する事になった捜査官ジェイク。 だが、取引場所に指定されたリゾート地のプールに、ジェイクの血の繋がらない姉、メイが偶然いた。 クラウといる所をメイに見られると、麻薬組織に正体がバレて殺される。 必死でメイから逃げ回るジェイクだが……。

西暦三三〇四年、火星の宇宙港にアンドロイドの女捜査官が着任した。 一方、上司となるのはかつて戦争で全身の六割を損傷し、全身が義体となったサイボーグの男だ。 しかし初対面から一悶着。 女は自分がアンドロイドでは無いと主張しはじめ、むしろ「そっちこそ人間ではないだろう」と上司に向かって言う始末。 そんな最中、宇宙港は突然の爆発に包まれて……。

軍事演習中、草むらの中から一人の女が倒れているのが見つかる。 とりあえず保護したものの、その女性は一向に目を覚ます気配がない。 それから１ヶ月、女がようやく目を覚ました。 しかし、その女は何を聞いても覚えてない、知らないと答えるだけだった。 顔認識やDNAなど様々な方法で女の身元を探るも名前以外のものはでてこない。 このまま軍の施設においておくわけにもいかないということで一人の軍人の家に居候することになった女だが...