如月町、その片隅にある三木退魔事務所。 そこの所長である三木宗介は、ある日とあるも少女を拾った。 予想もしない拾いモノによって、宗介の日常に波紋が起こる。 これは弱小貧乏魔術師"種火の魔術師"と少女が絆を深めながら困難に立ち向かう物語。

とある町の、とある喫茶店からはじまる、日常もしくは非日常の物語。

―――２０３５年、人類は衰退の一歩を辿っていた――― この世界と、昇天した生命体の魂が集う楽園とをつなぐ《天国門(ヘブンズ・ゲート)》の開門によって世界中に現れた地球上のあらゆる生物の頂点に君臨する、神に等しい生命体《賢者(セージ)》と、かつて地球に存在した１２人の英雄《シャッフル》の地球奪還作戦により、人類の一斉捕食が行われた。 その脅威に人類は為す術もなく、世界の人口は約３万人にまで減少し、その全てが日本のとある小さな町、如月町の地下《アンダーシティ》に追いやられていた。 人類は生命、太陽、住居、資源、あらゆるものを失い、もはや絶滅の時を待つのみとなっていたのだった。 だが、そんな彼らの中には《賢者》《シャッフル》に刃を向け、栄光ある人類の未来を取り戻そうとする者達もいた。 その組織の名は、《地球内究極生命体対策組織》 またの名を―――《ＡＳ(アサルト・シャッフル)》

純粋で熱中すると周りが見えなくなってしまう高校二年生、入江 星太は、一年前から幼なじみの上谷 優衣と付き合っている。一年経つのにエロ行為どころかキスすら仕掛けない純粋少年星太に、優衣は「意気地なし」と投げかけて去ってしまう。星太はなんとか認められるよう（？）頑張ろうと、イメージトレーニングを繰り返すのだが、繰り返すうちに、駅前で知らない女子高生にキスしてしまう。しかもその女子高生は星太たちが住む如月町を仕切る、暴力団の総長の妹だった…！