妖怪パンクな世界へようこそ。 妖が資源として消費される世界。 暴走した妖から人々を守る政府機関に入隊した霊力ゼロな主人公……妖に家族を殺された少年の復讐が始まる。

代々霊感が強く、霊媒師を生業とする夏目家の長女・夏目樒はコロンビア大学に進学したが、身に覚えのない論文剽窃の濡れ衣を着せられ、訳も分からぬまま除籍という重すぎる処分を受ける。 やる気をなくした樒は日本で無理やり家業を継がされ、関東甲信越の怪奇現象の対処と除霊を行う“ナツメ商会”で幽霊退治に従事していた。 樒は天使の化身の少女・鎌倉紬の依頼で、とある山中で俗世から完全に隔絶して自給自足の集団生活を行っている謎の集団の“不死身の巫女”の密偵任務に赴く。 その“不死身の巫女”は、樒が幼い頃に失踪した祖母の菊子であり、しかもその姿は二十歳程に若返り、記憶をなくしていた。 奪還された菊子は少しずつ記憶を取り戻していくが姿は若いままで、なおかつ不老不死の能力を備えていた。 そして不老不死であるが故に、寿命を弾にして撃ち出し、悪霊や妖怪に強烈なダメージを与え、時に幽霊を成仏させることも出来る超常の銃“怪殴丸/カイオーガン”をほぼノーリスクで使うことが出来るのだった。 アメリカ仕込みの知識、怪殴丸の連射。孫娘と祖母のコンビは、家族と怪殴丸の謎を解くため日本各地の悪霊退治に旅立つ。