20歳のニート、佐藤翔太は、ある日突然異世界「エーテルガルド」に召喚される。しかし、召喚の過程で予期せぬ事態が発生し、翔太は女性の姿をした妖精「リリア」として異世界に転生してしまう。 混乱と戸惑いの中、リリアは自身が特殊な魔力「エーテルシフト」を持っていることを発見する。この能力により、リリアは周囲の魔力を自在に操り、様々な魔法を即座に習得・使用できるようになる。

　＿＿＿魔法少女が、世間に知れ渡ってから七年。　人類は、魔法少女の捕獲に成功し、幾度となく実験を繰り返す。　その結果、人を疑似的に妖精化させるワクチン、「フェールライド11.25」の開発。　そして、フェールライド接種者の配属下になる魔法使いと化させる遺伝子情報「マーリンG.O.S」の開発に成功。　マーリンG.O.Sの完成により、各国が魔法使いを軍事的利用をはじめ、ついには国同士の戦争が勃発。　やがて、国は統合されていき、「ホリメア」、「シレネジュイ」、「万日国」の三カ国が誕生することになる。　そんな戦争が続く中、ホリメアは戦死した魔法使いを実験材料に使った人工義体、そしてそれに伴い、人工知能を開発。　マーリンG.O.Sを元に、人工知能に魔法使いとしての遺伝子を入れ込むこみ、喜怒哀楽を魔力として変換することができる、「マーリンR.O.S,1.0」を開発。　それを機に、魔法使いは、人工義体を使った、アンドロイド型のものが主流となった。　その一年後、戦争が停滞状態となっている中、ホリメアは新たに「マーリンR.O.S,2.0」を開発。これまでのマーリンR.O.S,1.0は、一つの感情を変換することしかできないのに対し、マーリンR.O.S,2.0は複数の感情を変換することができ、能力を突出させることも、複数の能力を使うことなど可能となる。　主人公である "フィール" はプロトタイプとして、人類初のマーリンR.O.S,2.0を導入した機体となり、ホリメア部隊第三小隊隊長として物語が始まる。

主人公が、妖精の世界へ行き、妖精化する物語。