2024年に、専守防衛として設立された日本国軍は2026年に勃発した第三次世界大戦の中国・台湾戦線の活躍により、その実力が世界に認められていった…。 2030年に南極で突如独立宣言をした、ドイツ第四帝国。その4年後である2034年、10月。日本の最新鋭南極観測船『そうや』は世界平和協定の一環として、世界各国の研究者たちを乗せ、南極に向かっていた、南極到達間近にまで接近して来ていた『そうや』を沈没する。この「『そうや』沈没事件」をきっかけに第四帝国大規模進行を開始、世界各国の制海権を奪われるのはもちろんの事であるが、偵察衛星や海洋ケーブルなども破壊され通信までも困難となっていった。その国家存亡の危機に対し立ち向かうのは、2023年から確認されていた「人型艦艇」と呼ばれる魂を持った軍艦たち。対馬鎮守府に所属する人型艦艇の艦隊の総旗艦である伊吹は、提督の曾山昭弘をはじめとする明光艦隊を率いて第四帝国と国家の命運をかけて大攻勢を開始する。