全国民に記憶射出機構（メモグラフ）の埋め込みと毎日の記憶洗浄（スクリーニング）が義務付けられ、あらゆるストレスとそれに繋がるものが排除された、誰もが心安らかに生きることのできる「記憶管理社会」。そんな社会に息苦しさを感じていた中学三年生の黒鉄鋼太（くろがねこうた）は、友人と隠れて読んでいた不良漫画のワンシーンをきっかけにショックで失っていたトラウマの記憶を取り戻し、記憶射出機構を通じて自らの記憶を実体化する能力を持つ具現者（エンボディ）として覚醒する。その身を追われていたところを反政府組織[刻印されし者達]（エングレイブ）に救出され、政府が国民の記憶と思想を意のままに操るこの社会の歪んだ真実を知った鋼太は、たったひとつ残された父親の記憶を守るため、行方知れずとなった母親を探すため、彼らとともに政府と戦うことを決意する。

かつて世界を救った英雄、ラグナロク。英雄と同じ名を持つ機械仕掛けのレプリカは、壊れたメンテナンスポッドの中で終末に身を浸していた。……その日、少女の姿をした「始まり」が彼を見つけ出すまでは。