魔霧混じりの灰色雲に覆われた、死の国と呼ばれる赤き大地。志半ばで倒れた青年、ハロルドの姿があった。仇である赤銅色の竜を追って、空を目指していたはずだった。彼に惹かれ流星の如く飛来したのは、古代戦争の遺産兵器が一体――美しき群青色の竜、ミラだった。

迷える子羊たちに女神の祝福を。 かつて世界を震撼させたウイルステロ。それはWHO(世界保健機構)が開発した対ウイルステロ用外骨格、アヴィスーツの活躍によって鎮圧された。だが発展を続けていった医療、生体工学技術はやがて人々を脅かし、犯罪と戦争の苗床となりつつあった。 日本の首都、トーキョーの小学校に突如、シャコ型巨大生体兵器ハルマゲドンが出現し、児童や教師を次々と殺害、捕食し始める。警視庁のアヴィスーツ部隊が鎮圧をはかるものの、素早い動きと硬い甲殻に阻まれ、返り討ちにされていく。全滅は必至かと思われたその時、ＷＨＯに雇われた対生体兵器軍事会社スターライト・バレットのアンタレスが到着し、合体アヴィスーツ、ヴェネーノによってハルマゲドンの排除に成功する。 何故、ＷＨＯでも最上級危険種に指定されていたハルマゲドンが現れたのか？　わざわざ学校で暴れだしたのか？　理由が定かにならないうちに、付近にハルマゲドンが産卵していた痕跡が見つかる。もしもこれが一斉に孵化すれば、トーキョー中の人間に危機が迫ることになる。 ＷＨＯから事態の収拾を依頼されたアンタレスは惨劇を生き延びた女教師、マリアの協力を得て事件の解決に挑む。 だがこれは、事件の幕開け、そしてアンタレスの心理的外傷（トラウマ）の再現の、ほんの始まりに過ぎなかった……。