日本ホムンクルス協会は西暦2030年に作られた組織である。 多くの支援を賜り、科学的なアプローチにより5年後の2035年にホムンクルス第一号を完成させた。 ただし倫理的問題ならびに諸権利をどのように設定するかで政府との軋轢を生み、一度は解散に追い込まれた。ただし東京医科技術開発院において継続して研究は行われ、2年後の2037年に第二号となるホムンクルス”太陽”が完成。明けて2038年にはおよそ2500年～3000年前の遺骨からDNAもしくはRNAを抽出できさえすればホムンクルスを作ることのできる技術が開発された。それも記憶を保持したままである。 そこで政府は歴史研究に有用だということで一部制限の上でホムンクルス製作を許し、ホムンクルス第三号として平安末期の人物が選ばれた。諸資料によるとこの人物は日本史上におけるホムンクルス製作の先駆けとされ、撰集抄という古文書に記されている。