突如、世界中に大量出現した災害生物『ゲマトリア』を相手に敗走を重ねた人間たちは、巨大な塔『バビロン』に籠城することでかろうじて生きながらえていた。日本に点在するバビロンは三つ。旧名古屋に位置する第二バビロンにやってきたのは、『ゲマトリア』への対抗手段である調律師の才能がなく、オチこぼれとして育った苦労人『東雲海斗』と、そのパートナーの傲慢甘えたがり系ゴスロリ少女『フリッカ』。 彼らがやってきたことにより、第二バビロン所属の調律師、竹を割ったようなカラッとした性格の『鳴海川茜』と、リーダーとして納める真面目な猫かぶりお嬢さま『神無月銀河』を巻き込み、大きな事件に発展していく。