2025年6月、清峰高校。オカルト好きの藤原結奈（高2）は、麻生翔太（高2）への片思いを諦めようとするが、佐倉美月（高2）との恋人関係や高橋葵（中3）、麻生琴音（中2）との親しさに居場所を失う。「諦めたい」仮面と「諦められない」本音がドッペルゲンガーとして分裂。もう一人の結奈は翔太にメモを渡し、切ない行動で本音を伝える。クラスメイトに「二人いる？」と誤解され孤立する結奈。翔太は解決を諦め、美月、葵、琴音、麻生玲（20歳）、雫（玲の分離人格）に頼る。図書室と浜辺で、思春期症候群経験者のヒロインたちが結奈の本音（「好きでもいい、自分を嫌いたくない」）を受け止める。量子干渉が収束し、ドッペルガーが統合。梅雨晴れの校庭で、結奈は仲間たちに包まれ、自分と好きを諦めない一歩を踏み出す。

清峰高校の学園祭から5カ月、佐倉美月と麻生翔太は恋人として絆を深めるが、翔太の姉・麻生玲（20歳、大学生）が思春期症候群で別人格・雫（10年前に病死した少女）を具現化。雫の「死にたくない」が玲と融合し、事故死の運命を引き寄せる。量子干渉による時間ループで、美月が雫を救おうと事故死、2度目で玲が身代わりに。翔太は妹・琴音と高橋葵の支えで、玲と雫の本音（「家族を守りたい」「自由に生きたい」）を見抜く。浜辺と音楽室で心が共鳴、ループが終わり、玲と雫の人格が分離。桜舞う門前で、玲と雫は新たな一歩を踏み出す

清峰高校の学園祭から5カ月、佐倉美月と麻生翔太は恋人として絆を深めるが、翔太の妹・麻生琴音（中2）はSNSの誹謗中傷（「ダサい」「空気」）による不登校に苦しむ。思春期症候群で声が途切れ、存在が薄れる。半年前、琴音は詩を笑われ、母の比較で心を閉ざした。現在、美月と高橋葵（中3、美月の妹）が琴音を音楽室に連れ出し、過去の恐怖（ハブられる不安、笑われる怖さ）と向き合う。翔太の「俺が見てる」と美月・葵の共感で、琴音は「詩を書きたい」と本音を叫び、声を取り戻す。桜舞う学校の門前で、琴音は一歩を踏み出す。

清峰高校の佐倉美月は、学園祭での「本音のハーモニー」を経て、麻生翔太と恋人として新たな一歩を踏み出す。しかし、妹の高橋葵（中3、15歳）は、姉の「完璧な」姿に劣等感を抱き、思春期症候群で存在が「見えなくなる」。母の「美月みたいにできないの？」という言葉が葵の心を抉り、彼女は自分の価値を見失う。美月と翔太は葵の異変に気づき、旧校舎の音楽室で10年前の楽譜を手がかりに、姉妹の過去と向き合う。美月の努力と弱さ、葵の焦りと痛みを共有し、葵はピアノを通じて本音を響かせる。姉妹と翔太の絆が、思春期の影を光に変える。

清峰高校1年の麻生翔太は、口が悪くクラスで浮きがちだが、人の心を見抜く鋭さを持つ。学園祭準備中の秋、音楽部の先輩・倉田詩織の姿が薄れ、クラスメイト・山崎亮の影が消える「思春期症候群」に遭遇する。旧校舎の音楽室で発見した10年前の楽譜とメモ「本音を響かせろ」を手がかりに、翔太は二人の隠された本音——詩織の音楽への夢、亮の親の不仲による孤立——に向き合う。浜辺での詩織との対話を通じて、翔太は自分の無力感と「人を救いたいのに傷つくのが怖い」本音を認め、二人を救うため一歩踏み出す。学園祭のピアノの音が響く中、翔太は「本音を見逃さない」と決意し、未来の仲間たちを導く原点を刻む。

清峰高校の2年生、麻生翔太は、皮肉屋だが仲間を見捨てられない少年。学園祭を1週間後に控えた秋、旧校舎の音楽室で10年前の先輩たちが残した楽譜とカセットテープを見つける。そこから流れる未完のハーモニーと「本音を響かせて」という声が、10人の女子生徒に奇妙な現象を引き起こす。佐倉美月は声がエコーになり、高橋葵の声は聞こえず、三浦彩花は仲間が見えなくなる。それぞれの現象は、親の圧力、ネットの誹謗中傷、グループの孤立など、現代の思春期の悩みとリンクしている。翔太は、10人のヒロインたちと協力し、現象の謎を追う。音楽室で明らかになるのは、10年前の先輩たちが本音を偽り、互いに「見ず」に解散した後悔。翔太の「俺が見てるぞ」という言葉をきっかけに、ヒロインたちは本音を叫び、葛藤を乗り越える。学園祭のステージで、10人の「本音のハーモニー」が響き合い、現象は消え、絆が深まる。夕陽の校庭で、翔太と10人は「次はどんな本音を歌おう」と笑い合う。誰かが必ずあなたを見ている――そのメッセージが、読者の心に温かい涙を残す。

高校受験を控えた主人公はいつも通りの日常を過ごしていた。ある日いつも通り姉に頼まれ買い物へと出掛けると、見知らぬ公園にいた。 思春期に起こる不思議な体験は、果たして何を意味するものなのか……？