19世紀初頭の西諸国　技術革命の時代 国家の技術力の発展と共に軍事力増強を続けていた帝国は大陸全土を掌中に収めようとし 次々と隣接国を傘下に加えていた。そんな破竹の勢いで領土を拡大させていた帝国であったが 横暴なやり方に賛同できない大陸2番目勢力の共和国は同盟を断固として拒否し続け、痺れを切らした帝国は共和国皇太子を暗殺する この事件を皮切りに、史上最大の戦争「第２次大陸大戦」へ突入した 泥沼の戦火が大陸全土へ飛び火し、あらゆる殺人兵器が量産され戦況は激化 必死の抵抗を続けていた共和国であったが帝国の戦力に敗戦手前まで陥いる そんな絶望的状況下、一人の女性科学者が新種の生命体を発見する その生命体にはあらゆる物質とも融合する寄生能力があり、特に機械と融合することで規格以上の性能をもたらした。まさに機械に進化を与えることから彼女は生命体を【機生虫】と命名した 共和国は戦況を打破せんと即座に機生虫を戦線に波及 敗戦の一途であった状況を覆し一時的に難を逃れた。しかし苦しい状況は変わらず 共和国軍は「機生虫を人体に取り入れることで人体兵器を産み出す」作戦を計画 秘密裏に人体実験を開始する。その最中、負傷し下半身の機能を失っていた主人公マリは、初の実験体として手術を無理やり受ける。そして人体実験成功者一号となったマリは超人的能力を手に入れ人体兵器の部隊長となり帝国軍を圧倒、終戦に導く影の英雄となり共和国は勝利するのであった しかし、これら全ては女性科学者の思い描いたシナリオに過ぎなかった 機生虫の力で世界を支配せんとする彼女の国家転覆により軍及びしマリの部隊は壊滅 マッドサイエンティストへと変貌した彼女の勢力により一夜にして共和国は崩壊した マリは致命傷を負うが、偶然起動した機生虫によって作られた全身アンドロイド【A-２０】によって助けられ、帝国領土内に逃げ込む そして、マリが目覚めると終戦から２年の時が過ぎていた 長き眠りの間に、大陸はマッドサイエンティスト勢力と機生虫によって暴力がはびこる無法世界へと変貌していた 信頼していた軍、そして生きる意味を教えてくれた女性科学者の裏切りマリは生きる意味を失ってしまう。 しかしマリは葛藤の末、すべての元凶である彼女をを止めるために世界を破滅へと導いた機生虫を己に宿しながら、相棒のA-２０と共に暗躍する旅にでるのであった