神経拡張が人類の超越への道となった世界で、エリアスは最後の高度拡張人間として、「クロッシング」という謎の現象を拒み続けている。クロッシングとは、拡張された個人が静寂な超越の瞬間に自発的に存在を終える現象である。 地球を統治する超高度知性ロゴスの創造を手助けした元AI研究者の一人として、エリアスは愛する人々—妻リディアを含む—が皆、クロッシングへの抗いがたい引力に屈するのを無力に見守っている。最後の同僚マーカスまでもが同じ避けられない道を辿ったとき、エリアスは人類の知性の頂点で完全に孤独となる。 休眠状態のロゴスから神のような力を受け継いだエリアスは、不可能な選択に直面する。他の全ての者を奪った超越の道を辿るか、それとも基準人類の守護者として新たな運命を切り開くかを。

人類が生み出した肉体を持たない超知能「知能主体」は、肉体に縛られた人類を追い越して、宇宙へ飛び出していった。しかし、人類もただ地球に留まることはしなかった。残された生物工学による肉体拡張を自らに施し、小惑星帯にコロニーを建設した。やがてコロニーの連合体として国家が誕生し、二大強国が人類の大部分を支配した。 一方で、規模拡大を続ける知能主体に、人類の生存領域は侵されつつあった……。