妖あやかしを見ることのできる少年 八雲鈴弥(やぐもすずや)は高校から独り暮らしを始める。 なんとか引越しを終えたその日の夜 巨大な妖に襲われている謎の少女と出会うことになる。 少女を助けようと妖へ突っ込んで行った鈴弥だったがあっけなく倒れてしまった・・・。 鈴弥が目を覚ますとそこには巫女の姿をした 少女の姿が・・・。 彼女は自らを紅月琴(あかつきこと)と名乗り 人間界に紛れ込んでいる妖あやかしを見つけ、 消滅させることが自分の使命だと語った。 最初は彼女の言動について半信半疑だった鈴弥だったが ある事件がきっかけに妖払いの世界へ足を踏み入れ そして 琴と同居することに・・・？