プロローグで「ドナドナ」と「ジャックと豆の木」が交差する物語の始まりが示される。長野県の農家に暮らすJBは、経済的理由から仔牛のドナを売ることになるが、大宮で出会ったギリヤーク老人により、ドナはツバメに変身。老人から得た魔法の豆は、翌朝には天まで伸びる巨木となる。 　JBは豆の木を登り、雲上の摩天楼でモンスター・バロンと対峙。ツバメとなったドナの知恵で財宝を手に入れ、無事に脱出を果たす。その後、ドナは人間の姿となってJBと結ばれる。 　北京留学中、JBは「逆さまのバオバブの木」の夢を見る。この夢は、明治以降の日本が西洋文明を上から受容した歪みを象徴していた。この体験は後に、夏目漱石との時空を超えたチャットで深い意味を持つ。漱石との対話を通じて、JBは自身の視覚思考型の特性を理解し、従来の言語偏重の教育への疑問を抱く。 　ギリヤーク老人の死後、遺された二つ目の魔法の豆を使って、JBとドナは北海道に「バオバブの木学園」を設立。MIT出身のDr. Emily Temple Woodを校長に迎え、視覚思考型の子どもたちも活躍できる新しい教育の場を創設。「星くずノート」システムやレゴによる街づくりなど、革新的な教育プログラムを導入する。 　学園の中央には、老人の遺灰と豆から生まれたホログラムのバオバブの木が立つ。それは逆さまではなく、地に根ざし天を目指す「心のアンテナ」として、新しい教育の象徴となっていく。物語は、生命の変容の可能性と、教育における多様な思考様式の重要性を探求している。