人間全てが金髪碧眼に白い肌を持つ世界に異世界召喚されてしてしまった少女は、神託によって聖女と呼ばれ、訳が分からないまま武神降臨の為の旅へと強制的に出されてしまった。だが、少女が黒髪、黒い瞳、濃い色の肌を持つが故に、ガット王国民は、少女を“黒い聖女”と呼び始め迫害していく。死ぬ事も許されず、武神降臨の為の生け贄と言われがらも、遂にはその時を迎えようとしていた。しかし、世界の誰も知らない。神託と聖女と武神の本当の意味を。

メイガス・モルガーナがコスモギアスへとなってから３年後の|Ｘ Ｂrave（くろすぶれいぶ） 力を完全に支配したメイガスが行動を開始する 一方の武王機関は新たなコスモギアスであるメイガスを倒すべく新設された その名も『武神機関』 ＴＯＰにはＸ Ｂrave支部の支部長であるジュリアが立ち 本部もメイガスがコスモギアスとして生まれ変わった終局の世界Ｘ Ｂraveに立つ 今再びＸ Ｂraveを舞台に戦いの火蓋が斬って落とされたのであった そしてあの時戦った戦士たちが今再び立ち上がる！！！

２本の巨大な剣が突き刺さった終局の世界 Ｘ Ｂrave（クロスブレイブ） 遥か昔このＸ Ｂraveで起きた宇宙意思コスモギアスと人間との激しい戦争 コスモギアスは自分の事しか考えず宇宙を汚し続ける人類の抹殺を開始した 絶対的な力の前に人類は成す術も無く滅びを待つしかなかった しかし 人類はコスモギアスに対抗しうる力を手に入れた その力こそ「武神降臨」 武の道を極めし誠の強さを持った戦士のみが使える技 武神と共人類はコスモギアスを打ち倒し平和を手に入れた この戦いを忘れないように最後の決戦の地 Ｘ Ｂraveには当時コスモギアスを倒した２本の剣が今も尚突き刺さっている