突然の大地震によって、中学2年生の学生——花生（カセイ）は、幼馴染の遥を失った。 花生は瓦礫に埋まった遥を救うためにあらゆる手段を尽くしたが、全ては無駄だった。 同じく避難していた同級生は、遥を見捨てて無情に立ち去った花生を目撃するが、それは誤解だった。 その後、学校に戻ると、先生が遥が亡くなったことを悲痛に語る場面で、あの生徒が立ち上がり、この誤った事実をクラスの前で発表する。 花生は必死に説明したが、誰も信じてはくれなかった……それ以来、彼は「殺人犯」「何もわかっていない」「臆病で弱い」と罵られ続けることになった。 先生や遥の母親が彼を説得したが、花生はその影に沈んだままだった。彼が知りたかったのはただひとつ、「どうすればこの世界を理解できるのか」「どうすれば世の中のすべてを知ることができるのか」だった。 そのため、彼は自室に閉じ込められ、ひたすら本をめくり続け、外に出ることはなかった…… そんな中、ある人物が現れる——木羽先生（モクハ先生）、急速にインターネットで有名になった小説家で、彼はまるで花生のすべてを理解しているかのようだった。 あるインタビューで、木羽先生はこう言った。「この世界を理解したいなら、まずこの世界を評価してみなさい……さあ、今、この世界に一番伝えたい言葉を言ってみてください！」 その言葉が花生に深く響き、彼は再び部屋を出て、新しい高校の教室でその言葉を書き綴る。しかし、それは先生や同級生たちに嘲笑されることとなる…… 再び深淵に落ち込み、倒れて目を覚ますと、病床に横たわっていて、すっきりとした軽快さと幸福感を感じる。なぜなら、彼はあの記憶をすべて忘れていたからだ（記憶喪失）それもまた一つの解放だったのかもしれない。 その後の試験中、激しい頭痛に襲われ、記憶の「すでに変わってしまった部分」が断片的に脳裏をよぎる……再び目を開けると、見知らぬ異世界にいた…… 神姫と魔女の争いに巻き込まれ、この世界には黒い瞳を持つ者がいないはずの中で、特別な黒い瞳を持つ花生は、何か特別な能力を持っているのだろうか？ 彼は冒険の旅に出発し、神姫と魔女の間に隠された真実を解き明かし、この世界を理解し、逃げてきた過去と向き合い、最も本来の色に染まることになる……。