あり得たかもしれないとある世界。 その世界では開花者と呼ばれる進化した人類が神の遊戯から生き残るため戦っている。 しかし、能力を持っていても所詮は人間。 到底神に勝てるはずもなく、その人口は年々減ってきている。 対抗できるのは三大国の各国にいる超越系能力を持った三人の開花者だけだった。 このままではいけないと考えたとある研究チームがあるプロジェクトを始動した。それは能力を持たない無能者を人工的に開花者にするプロジェクト。当然、非人道的のため公には出来ず、何百人もの子どもが犠牲となり、五年の歳月が経ちようやく成功例が出来た。それが主人公天宮陽斗だった。しかし、陽斗が十六歳になる年。能力の暴走により研究所は大破。研究員は全員死に研究データもなくなり、住むところがなくなった陽斗を拾ったのはアトラス国王。まるで、家族のように扱う王とその娘の龍泉寺アリサに戸惑いながらも一緒に暮らすことに決め、アリサが通うアトラス学園へと編入し、同年代の出水楓と共に初めての学生生活を謳歌する。 だが、平和はそう長くは続かない。暇というだけで適当な理由をつけて人類を殺戮する悪しき神が彼の目の前に現れた。アリサを庇ったまま戦えないと判断した彼は持ち前の能力を使い一度は難を逃れたものの神はもう一度、陽斗の前に現れると言い残し姿を消した。逃げる選択肢もあったが戦うことに決めた陽斗は単身神のもとへ向かおうとしたが、楓に止められ、行く条件が『楓の同行』だったので仕方なく二人で向かうこととなった。 そして、再び現れた神話上でしか知らなかった神。 例え、陽斗が化物並みに強くても人類でしかない。 使えるものは全部使い果たした陽斗は研究所を大破させた超越系能力を使用することを決意。 神と同格となった彼はその身を削り、見事神を打ち倒した。 神との戦いの後。 楓に肩を借りながら城へ帰った彼を待っていたのは涙目のアリサと安堵し優しく微笑む国王。 初めて人の暖かみを受け入れた彼はこの国のため、家族のために戦うことを誓った。

　ミストラル学園大学部へ進学した天宮陽斗は

　アトラス王国の王族として生まれた主人公天宮ハルトが戴冠して早三年。ようやく落ち着いた頃縁談の話がきた。

一年前の事件で武蔵野学園で去り、再び戻った主人公新田陽斗は

　世界を終末に導くといわれる絶大な力を持つ異能者【終末者】。その正体は十五歳の少年だった。名は〈黛　終夜〉。中学を卒業後、就職活動に勤しんでいた彼の元に届いたのは一通の封筒。それを無視した彼の元に現れたのは監視役である少女〈神崎　恵〉。強制連行で連れていかれたのは異能者の島〈アトラス〉だった。

普通の高校生龍凪隼人の目の前に現れたのは世界的に有名な竜泉寺グループのご令嬢竜泉寺アリサ。出会った瞬間に「許嫁」だと言われた隼人はとりあえず話を聞くことに。両親に連絡が取れなかったのと妹の和葉が激怒したため話はまた後日に。しかし、隼人の高校にアリサが転校し、自分は隼人の許嫁だと言い放つ。男子生徒からは嫉妬の視線、一部の女子からは嘆息が聞こえる中、平穏な高校生活の終わりが告げられる。

とある事件に巻き込まれ、"同胞殺し"の代名詞である"魔族者"の疑いをかけられた主人公『新田ハルト』は相棒であった出水楓に何も告げず学園を去る。 そして、半年後再び学園に通うことになったハルトは自分が逃げたせいで、楓にも魔族者の疑いをかけられていたことを知ったが、彼女の性格を熟知しているため謝れずにいた。 そんなハルトの目の前に現れたのは半年前の事件で死んだはずのクラスメイト春日雪乃。動揺したハルトは不意打ちに対処できず致命傷を負い気を失う。 ハルトは夢の中で半年前の事件を振り返り、迷いを無くし雪乃を再び殺す。殺した後、半年前の事件に関わっていた『ハーミット』と名乗る仮面の少年が現れ、世界のあり方について問われる。 ハルトは嫌われていても学園の仲間たちと生きることを選び、楓と同じ十字団に入団し、平和な学園生活に戻るのであった。