人類滅亡から200年後の世界「ノヴァテラ」―― 高校生プログラマーだった原田航は、目覚めると5歳の少女「ミラ」になっていた。無表情な女性型アンドロイド「ティア」に保護され、魔素という不思議な力が支配する新世界で生きることになる。 幼い体と大人の思考を持つミラ、感情を学ぶ論理的なアンドロイドのティア、そして彼らを救った自然魔法の才能を持つ少女「リーナ」。 血の繋がりのない三人は、ミラの持つ旧世界の知識を狙う「魔術師協会」と「闇の結社」から逃れながら、科学と魔法が交差する世界で新たな家族として絆を深めていく。 幼女の体に宿る驚異的な魔法適性、アンドロイドの成長する「心」、そして三人で見つける新たな生き方――人類滅亡後の世界で紡がれる、感動の冒険ファンタジー！

教会が滅亡してから三千年後の世界。 かつて教会が教えていた魔術のことを人々は知らないふりをして、 剣や槍や斧で怪物を退治して暮らしていた。 三千年前まで存在していたという教会はいったい何を教えていたのか。 なぜ、教会が滅びたのか。 学校で魔術師を選択したベイケたちは、 正統な教えの消えた世界で、魔術を使い、世界の不条理に立ち向かう。