俺、大蔵旭日は旅行へ向かう途中に過労で死亡し、神様によって特典をもらって転生させてもらえることになった。 軍艦が大好きな俺は『自分の好きにできる艦隊が欲しい』と願う。 その結果俺には、様々な軍艦を指揮下に置く権限が与えられた。 その後、俺は魔法を主体とした文明を築く異世界、『マギカクロイツ』に転生し、その世界で戦い、生きていくことになる。 これは、ミリタリーオタクの青年が、クセのある軍艦たちと共に奮闘する物語である。

　林亜香里（はやしあかり）はＯＬをやりながら売れない小説を書いている普通の女性。 　その日もいつものように小説を書く合間に仮眠をとったつもりだった。しかし次に目を覚ました時には、亜香里はなぜか自分が中二の時に考えていた小説の世界に転移していた。 　その世界で亜香里は主人公として設定していた岩敷真帆と出会う。 　亜香里が設定した部分はそのまま、しかし設定の足りない部分は独自発展していた世界で、亜香里はやがて金剛国陣将・岩敷真帆にひろわれる。 　最初は人狼に追いかけられるという命の危機を経験するが、どこか他人事な気分で生活していた亜香里は自分の設定で苦しんでいる人に出会ったり、設定外の生活に触れたりして少しずつ世界を愛していく。 　そして亜香里が世界を選択する決定的な事件がおこる。