敵潜水艦と戦うのは野生のクジラ・・・！？　新任獣医少尉、垂木水菜（たるきみずな）と、はぐれクジラのセイゲンが新鋭潜水艦に挑む。 水菜は着任先の研究所で、変人先任士官の腰水（こしみず）と出会った。腰水が会話をするその相手は、なんと鯨。人類と鯨のコミュニケーション能力向上は皮肉なことに、鯨の軍事利用を一段と加速させていた。協力を拒んでいたセイゲンも、水菜が仲間の病気を治したことをきっかけに参戦。高い能力を示す。戦局の悪化と共に、出される指令は過酷なものとなり、ついに、セイゲンは核爆雷を抱えて敵艦隊に突入する役目を負わされる。果たして水菜とセイゲンの運命は・・！　クジラと人間の絆、海洋バトルチックな物語です。