1945年8月15日。その日、多くの激戦を潜り抜け　生き残った軍艦たち。 海に着底しながらも敗戦の声を聞いた者、軍機に最後まで牙を向いた者、 多くが深い水底へ沈んでいくのを見て来た者。 彼らの体験を後世へ語り継ぐ為に、我が国　日本は 「終戦時に生き残った軍艦の命を吹き込む人間を創り、歴史を語り継がせる」 いわば年老いた者達の代わりに戦争の恐ろしさを若き者にも伝える 「メッセンジャー」として「軍艦の命を宿した人間」、つまり「艦人」を 法律で創りだすことが決まった。 しかし、ある海沿いの小さな町が海から来た怪物の魔の手により行方不明者6名、死亡人数504名の 壊滅的被害が出たことにより「艦人」の存在は大きく変わった。 未完成に終わった軍艦の恨みが籠った艦人型の怪物を「艦恨」、 戦場として使われた場所の死者の怨みが籠った軍艦型の怪物を「怨戦」と名付け、 うら若き少年少女や青年を、対艦恨・怨戦用人型軍艦―艦人―にすることで世界を、 ひいては歴史を護る存在として生み出されることとなった。 その艦人達を纏め上げ、指揮する人物として「水野鉄二」、「北上海音」が選ばれた。 彼らは艦人達と共に世界と歴史を護る為の戦いへ出撃する―――――！