世界中に突如出現した《ディヴィジョン》によって人類が巨壁都市に隔離され、攻防を繰り返す近未来。《ディヴィジョン》に対抗する組織《機関（オルガン）》に所属する時幸は、正職員への昇進をかけた最終試験に乱入した、日本刀を持つ少女に手柄と心を奪われる。結果として、組織になくてはならない人材であるにもかかわらずヒエラルキーの底辺にいる時幸は昇進を白紙にされるのだが、それよりも少女のことが気になり、上司の命令に逆らって密かに彼女の行方を追う。 　少女、早梛を探し出した時幸は、彼女の目的が自身と同じ「仇討ち」であることを知る。二年前、彼女の家族は屋敷に侵入した人型の《ディヴィジョン》の手によって惨殺された。その際、返り討ちに一太刀浴びせた彼女の刀には、同じ性質を持つ《ディヴィジョン》に対する特攻能力が備わっていた。その事件に疑問を抱いた時幸は、早梛を《機関》に連れ帰る。そこで早梛は、世間から隠されている《ディヴィジョン》の秘密を知る。 　命令違反のペナルティによって、時幸は危険な任務を行うことに。同行した早梛は、その最中、突然巨壁の上から突き落とされ、窮地に追い込まれる。救出に向かった時幸が深手を負わされるが、その《ディヴィジョン》は瞬く間に死滅し、早梛は困惑する。 　《機関》にかかわるうち、早梛の家族が殺された事件は、よくある《ディヴィジョン》による襲撃事件ではないことが発覚する。彼女の家族はなぜ殺されなくてはならなかったのか。《ディヴィジョン》とは何なのか。そして、時幸の正体とは……。 　未来のため、自身のため、そして守りたいもののために傷つき、もがき、それでも進む少年と少女。未熟、故に鮮烈な理想を抱く二人が織りなす、青春スタイリッシュアクション伝奇。