50年前、突然、世界各地で死体が黄泉がえり人々を襲い始めた。 　ヨモツが世界中に広がるのに、そう長い時間はかからなかった。 　たった数年で世界はヨモツに蹂躙され、かろうじて生き残った人々はヨモツに怯え、見つからないように息をひそめて、恐怖の中、隠れて暮らしていた。 　そんな中、ヨモツを滅ぼす神の光・神光（テラ）が日本で発見された。 　神光（テラ）は日本に住むスメラギ家が代々祀っていた古き神・オオヒルメの光といわれ、その光を浴びせると、ヨモツは黒く煤化し滅んでいった。 　スメラギ家の当主だったホノ・ニニギは、集まった人々の叡智を結集し、ヨモツを殲滅するための人型兵器・神衣（カムイ）を創った。 　神衣（カムイ）には操縦を制御するため、御霊（ミタマ）と呼ばれる女性型AIが搭載されていた。 　ヨモツを駆逐したホノ・ニニギたちは、神光（テラ）で周囲を照らしヨモツを寄せ付けないオオヒルメの塔を創り、塔を中心とした国家ヤマトを建国した。 　建国から20年、安寧の地を手に入れたかに思えた人類に、新たな脅威が近づきつつあった。 　これは、記憶を失いながら神衣（カムイ）の操縦士・神衣主（カムイムチ）になろうとする少年・ナムチと、彼と共に戦う少年、少女たちと、御霊（ミタマ）の少女たちの物語である。