時は──「ウィル」と呼ばれる、人間の「意志」を物質世界に具象化させ、武装するシステムが開発された近未来。 そのシステムを享受出来る資格を持つのは「意志強き者」だけだった。 その資格を得た神喰了は、武装能力者育成機関・超新星学園東京高等学校に入学する。 厳しい階級制度が存在する学園内で、彼は最低ランクの烙印を押され、侮蔑の対象となってしまう。 ある日、友人を襲う恐喝事件が発生し、彼の真なる力が明らかになる。 それは、学園が規定するランク審査では測定することが出来ない「精神世界に作用する力」であった。 了は、そのことに学園秩序の危機感を覚えた生徒会組織と対立していくことになる。 尋常ならざる異形の能力者達の決闘、学園内ランクの下克上、歪んだ精神と感情の渦巻く恋はスパイスとなり…… 神喰了の、波乱に塗れた学園生活が始まった。