『ダークネスシャドウ』を巡る、少女たちの戦いが、今、始まる……。 平凡な見た目で地味な山田大和（やまだやまと）は、少し前に留学してきたソフィア・アレンシーナに生き別れになった兄に付いて知らないか聞かれる。 詳しく話を聞いてみると、彼女はその兄のコードネームである『ダークネスシャドウ』しか知らないと言う。しかし、それは山田大和のコードネームだった。 不安を感じた彼はソフィアに協力することを申し出るが……。

「私、異世界でスパイになりましたっ！」 映画で見たスパイに憧れてた女子高生アリサは異世界で憧れの世界へと入った。 そこで待ち受ける、スリリングとサスペンスに時折笑いありのスパイ大作戦が始まるーーー アリサは異世界に転生してひょんなことからRNIS6(海軍諜報部第6課)に所属することになります。 念願と夢が叶った彼女はスパイとして数々のミッションをこなしていきます。 そんな彼女の物語です。 ※一章ごとで読みやすいように完結させています。

異世界に転生した 明るくてマイペースな少女アリサは派手で華やかなイメージがあるスパイを始めます。 かっこいいスパイを目指しつつ、 世界の命運を賭けた重大な事件に巻き込まれて、ミッションに参加することになります。 バディの社長令嬢なのにスパイになったエリザと共に世界を股にかけたスパイ生活を送ることになる少女の話。

日本人スパイのヤマトは現実世界とよく似た、いくつものパラレルワールドからの転生を繰り返してきた。転生の度に前世の記憶とチート能力を持ち越してきたヤマトは、平成元年の日本でスパイとして無双する。幾度の転生で培った豊富な知識とチート能力、そしていかなる状況にも動じないクールな態度。そんなヤマトに日本人パートナーのミズホを始め、アメリカ・イギリス・フランス・ドイツ…各国の美少女スパイたちがメロメロ状態になって言うことを聞いてくれる。ヤマトが戦う敵は国家転覆を狙うテロリストから外国の独裁者まで、その正体は前世のパラレルワールドで世界を破滅に導いた張本人たち。ヤマトの使命は、そんな宿敵たちの野望を阻止して世界を前世のような悲劇に陥らせないこと。現実世界とよく似た、けれど少し異なる歴史を歩むパラレルワールドの平成初期を舞台に、ヤマトのチーレムスパイ人生が繰り広げられる。

悪の組織の秘密基地に潜入した美少女スパイ。彼女がその研究所で目にしたものとは――