西暦2078年、肉と鋼の境界が曖昧となりつつある時代――。 その日のシュヴァルツ・ヴォルフの任務も過酷だった。生体と人工物質の融合体“閃殻体”もオーバーヒート気味だ。目的地であるこの軍事基地の深部、新型戦略機動兵器“APOLLYON”の格納所へ辿り着くまでもう何体の自律機動兵器(ガンダーシュダック)を屠ったことだろうか。 グリアス共和国の秘密軍事基地“ビルゲスト・エナ”に、ゼランスハイド連合国の対テロ特殊戦術小隊「屠龍部隊(ドラヘントゥーター)」が潜入任務を開始した。その任務は、基地を占拠した原理主義軍閥「ゼイバ革命連盟」の制圧。テロリストは新型戦略機動兵器“APOLLYON”に搭載される「次元震爆弾」の弾頭発射を盾に国際社会への脅迫声明を発したのである。 ただの一発で人類の四分の一を“無力化”させる次元震爆弾、その発動の阻止に選ばれたエージェント、シュヴァルツ・ヴォルフを待っていたのは、ゼ革連の背後で蠢く非公然武装組織“GUREL”(ガレル)の罠だった。因縁の相手、組織首領“レガード”が“APOLLYON”の目前までたどり着いた彼の前に立ちはだかる。可変戦略服(ターンカーフ)を纏い、音速の攻撃を繰り出す超兵士(ガイングロウ)たちが激突する。 一方で、連盟の捕虜とされ慰みを受けていた少女“レイティア”はシュヴァルツに助けられたことから、なりゆきにも彼をサポートするが、“GUREL”の女兵士“カーシャ”から自身がカーシャと同じ“神々の黄昏計画”により生み出された人工生命体、V.A.L.K.I.R.Y.(ヴァルキリー)だということを明かされる。 自らの“素体”(プライム)となった人物の記憶を垣間見るレイティアはシュヴァルツに言い知れようのない運命を感じ、共に「特殊戦機・強襲装甲装置」X.B-R.A.D. (クロスブレイド)を駆って“GUREL”の、レガードの“涅槃計画(アポトーシス・プロジェクト)”を阻止すべく立ち向かうこととなる。 やがて語られるE.H.E.R.A.R.(エインヘリアル)である、シュヴァルツの出自。ビルゲスト・エナの深部に隠された、失われた異文明遺跡とは。 超兵士(ガイングロウ)たちの戦い、それは人類の存亡をかけた最終戦争(ラグナロク)なのか。 “世界を二度救った男”シュヴァルツ・ヴォルフの三度目の奇跡は、はたして実現するのか……。

パウエナが最後の自律機動兵器エグゼキューターを破壊した時点で、人類の生き残りはわずか二十一名だった。 人類は戦いに勝ちはしたが、絶滅は目前だった。 兵士としての役割を全うしたと考えたパウエナは、司令官に対してそれでも子供を産んで増やすと強弁する。 しかし恋をしたこともないパウエナのそれは、子供の戯れ言でしかなかった。 司令官は代わりに塔の地下にある播種船の本体に、人類の遺伝的多様性を取り戻す鍵を取りに行くよう命じる。

　一九九三年、モガディシュに二機のＵＨ六〇ブラックホーク中型多目的軍用ヘリコプターが墜落し、合衆国《ステイツ》上層部は危機感を抱く。 　米国は今後も必要に応じて世界中で展開し続けたい。だが、兵士の遺体が引きずり回される映像が全世界に向けて放送されるのはごめんだ。 　そこで生み出されたのが、遺伝子情報を戦闘に特化した形に変更を加えた特殊部隊員《オペレータ》。“人喰らい《マンイーター》”と呼ばれる存在だ。 “人喰らい”のウィリアムは仲間たちとともに、自身を裏切って研究所跡に立てこもる主任設計者《チーフデザイナー》の身柄を確保するために、戦地へ赴く。そこで待ち受けているのは過酷な戦場だった――。