そこは自然界。人間と精霊とが共存する世界。 ローマンド帝国、ミラニアに住む孤児ユースは、一年に一度の「神託」によって、自然の力をつかさどる精霊に選ばれた「自然戦士」となる。そして、ブリデラント王国の王女エリーや、アメリゴの科学者ジェームズたちとともに、世界中を旅し、怪物「ギート」の謎を解き明かす物語。

―西暦2999年 ここは現在、西暦2012年からかなり年月が経った『未来』というヤツだ。 この時代では『環境問題』が悪化している。 こっちの時代では某首相がいろいろと打開策を打ち出したりしているが、 結局それも空しく、環境問題は解決しないばかりか、ますます悪化しているのである。 その割に人口は目まぐるしく急増し、地球がパンクしそうである。 あちこちに建つ工場、そして次々と噴き出す煙。 水質、土壌ともに文字通り汚濁され、辺りには住宅が立ち並ぶ。 『自然』と呼べるものが滅多に存在しない。 地球はこの時代、そんな廃墟のような星になってしまった。 ガガーリンが『地球は青かった』などと言っていたのが懐かしい。 ところで、話がガラッと変わるが皆さんはノストラダムスの大予言をご存じだろうか? 1999年、『恐怖の大王』が世界を終焉させる。という謎の予言をした大昔の予言者だ。 ノストラダムスの予言は非常に謎めいた詩で表されており、 『恐怖の大王』の正体は宇宙人なのか、核ミサイルなのか、一体何なのか分らなかった。 結局、人類の一部が恐怖に怯えただけで『1999年』は無事終了し 人類は21世紀を迎える事が出来たのであった。 しかし、ノストラダムスの予言は外れた訳ではない。 1000年、ズレていたのだ。 分るだろうか。『恐怖の大王』が現れるのは1999年ではなく、2999年だったのだ。 2999年、すなわち、この時代。 そして、予言通り、『恐怖の大王』は地球に隕石として飛来した。 隕石飛来のニュースは連日テレビやラジオ、インターネットで取り上げられたが、 結局正体が掴めなかったため、次第と報道はされなくなっていった。 しかし、彼らは確かに、そこにいたのである。 その『無人島』に。 彼らの名は『ワールドリメーク』 この地球を汚し彼らにとって住みやすい空間にする、それが彼らの目的だ。 しかし、そんな事をされては我々人間が地球に住めなくなってしまう。 そう。彼らはこの地球を『乗っ取る』つもりなのだ。 『終焉』を前に絶望する人類。 そんな中、『恐怖の大王』に立ち向かう5人の少年がいた。 彼らの名は...自然戦士ネイチャーマン!!!