世界のどこかに潜む「闇の意思」と呼ばれる存在は、かつて邪竜として崇められながらも敗北し、精神体として残存していた。その意思は復讐心に駆られ、人間界で負の感情から生まれる「紫水晶」を集めることで力を取り戻そうと画策する。そして、最適な器として孤独と絶望に満ちた少女フェリスを見つけ出し、契約を結ぶ。復讐のために創造されたドラゴン「ドリューベン」と共にフェリスは、かつての学園や人間社会に破壊の限りを尽くし始める。 一方、学園の優等生で「完全無欠」と呼ばれるジョニーは、遺跡探索中に謎の剣を発見する。剣はジョニーを所有者として認め、ドラゴンと戦う使命を課す。ジョニーは失われた学園や仲間を取り戻すべく、剣の力と共にドラゴン「トライクエスター」を呼び出し、闇の意思に立ち向かう。 フェリスとジョニーは、それぞれの立場で復讐と正義を背負いながら、互いの運命を交錯させていく。友情、喪失、そして復讐心が絡み合う中、彼らの戦いはやがて人間界と神界の秘密に迫る壮大なものへと変貌する。