大日本帝国が大日本共和国連邦と国名・方針を変え、開戦間近だったアメリカとの戦争が行われなかった世界。 大艦巨砲主義が未だに発展し、人型機動兵器《騎甲戦車》が地上の戦場を闊歩する様になり、戦乱の世となってしまったその世界の片隅で、日本は束の間の平和を謳歌していた。国防大附属高校に通う少年、有本 僚は横須賀で行われる観艦式を見学しにきたが、ロシアからの脱走兵やそれを追撃しにきた部隊が起こした騒乱に巻き込まれてしまう。 成り行きで知り合うことになった元ロシア軍女性《騎甲戦車》パイロットのクラリッサと共に近くのドックにて入渠中だった戦艦《信濃》に避難する。だが《信濃》は現在、対空火器が補給不十分で使用不能な中、対艦用の砲弾しか補給が完了していない副砲で航空機を相手に戦うしかなかった。その艦内にて、欠陥機としてお蔵入りになりかけていた試製の新型戦闘機《零》に、なし崩し的に僚は搭乗、戦闘に参加することとなる。