母から娘へ。その血が受け継ぐ「罪」の物語。 中学の卒業式を明日に控えた主人公、一条尋花は原因不明の高熱にうなされていた。意識を失い目覚めた場所は見知らぬ真っ白な空間。尋花を取り囲んだ大人達は、封印された彼女の魔力を解き放ち、『魔法師』として生きる道を強いる。生きるためにその道へ進む決意をした尋花は、母と別れ、護衛だと言う上級生の鈴原龍とともに山奥に隔離された魔法師学校へと向かった。 　しかし、いざ授業を受けてみると封印を解いたはずの魔力が発動しない。そんな中、魔法史学教師の木崎からこの学園の成り立ちを聞かされ、尋花の決意は揺らぎ始める。学園は藤城一族の殺戮の上に成り立っていた。一族は近親婚を繰り返し魔力を強め、暗殺者として戦時中多額の報奨金を得て学園を開設し、日本魔法師会を支配していた。戦後、それに反発したのは一族総本家当主の息子、藤城敬市郎とその婚約者である藤城晴花が率いる学生達だった。しかし、自らの子供達が訴えた主張にも関わらず一族はそれを罪とし、見せしめとして校舎ごと二人を爆破し殺してしまう。その後、藤城一族は逃亡を図り、現在も国外に潜伏していると思われている。その様な危険な世界に足を踏み入れてしまった事を後悔する尋花だったが、自分が殺された二人の孫だと聞かされ困惑する。

少年は階段をのぼる 屋上に向かっている その建物で、一番高いところ

人の多い通り ビルの前に男 彼は叫ぶ 俺は神だ、と

黒猫が歩いていた。通勤によく見かけるようになった。

草が茫々と生えていた。僕の村だった。

伝染病がこの国を襲った。次々と自殺者が出てきた。少女は生き残っていた。生きていたいから。

ひょんなことから知りました。それは、私の運命だったのだと思います。未来探偵。彼らは、本当に未来を知っていました。

ある科学者が、廊下を歩いていた。先に見える白い扉の向こうには、憎むべき世界が広がっている

男がいた。絵に描いたような不幸な男だ。自分の全てをささげて、今、銃を女王に向ける。