菊馬幸磨はある事情から家を出て、母親の故郷・清合町で遠い親戚の月冴と一緒に暮らすことに。 今年４月、二人は私立希愛中学校へ入学し、同じクラスになった宇治川マリアと仲良くなる。最初は 三人しかいない寂しいクラスだったが、後から月冴の幼馴染の東炎樹、容姿からよく男性と間違えられる 伊島楼、そして女子校から転校してきた歌藤桜華の三人が加わってクラスは賑やかになる。 しかし、幸磨の周りではなんらかの小さな出来事から大きな事件が日常的に発生し、彼の中学生生活は スタートした時点で不運…いや、不幸に見舞われる。そして、彼のその不幸により数年ぶりに幸磨の姉・ 愛美奏が目を覚ます。 　 　愛美奏は特殊危険超能力『万能』を持つ１６歳の少女。数年ぶりに目覚めた後、弟の幸磨の家で暮ら 　し始めるが、ある出来事がきっかけにより弟と離れ離れに生活することになる。そこは一般の学校 　よりも厳しい監視と制度で守られた地獄のような学校。こんなところ普通ならすぐにでも逃げ出し 　たいが、今の愛美奏は万能どころか他の超能力も使えない無能力状態だった。弟がいない、２４時間 　の監視体制と任務と言う名のポイント労働、そして何考えてるか分からない少年少女達との生活。 　それはまさに絶望だった。