世界を守護する『秩序のクリスタル』と、世界を破壊する『混沌のクリスタル』の果て無き戦いが繰り返される世界。 『混沌のクリスタル』は何度倒されても復活し、その度に違う方法で世界を滅ぼそうとする。 一方、『秩序のクリスタル』は力を選ばれし人間に与え、『秩序のクリスタルの勇者』を生み出すことで『混沌のクリスタル』に対抗していた。 二つのクリスタルの何度目かの戦いにおいて、『秩序のクリスタルの勇者』クロトは仲間たちとともに『混沌のクリスタル』の鎮座する、１００年前にも決戦の行われた古城へと向かう。 そこに待ち受けていたのは、闇色に輝く水晶の体を持つ巨大な水晶大蛇であった…… しかし、このお話の本編はその戦いから１００年後の、辺境の村に生まれたある少女の叫びと嘆きから始まるのであった。