惑星の地質調査や宇宙未開の地など、未知のものを探索する、宇宙捜査艦、女神の心臓。 艦長アルは破天荒が故、連邦からもつまはじき者として扱われていた。 そんな中、惑星デネボラへと調査に向かう最中、怪しい宇宙船と遭遇する。 副館長であるキリエの忠告も無視し、怪しい宇宙船へと乗り込む。 そこには美しい女が一人。 何故かアルを『博士』と呼び、誘いをかける。 艦の危険を察したアルは、自らその誘いに乗り、連れ去られてしまう。 惑星デネボラへの調査を優先せよという連邦の命に、仕方なくキリエたちクルーは調査に向かう。 そこで見つけたのは、士官学校レグラントに所属する生徒三名だった。 彼らは連邦と敵対する組織「ギブゾイド」のスパイが学園にいる証拠を掴んでいた。 それを立証するため、惑星デネボラである実験を試みていたのだ、と。 レグラント校の生徒を無事弾き割らし、本格的に艦長アルの捜索に当たるキリエ達。 しかし、アルを攫って行った女……アンドロイドのレシェルは、ギブゾイドを統括する存在でもあったのだ。 キリエ達、女神の心臓号のクルーたちはアルを救い出せるのか？ そして連邦の船は、ギブゾイドに勝てるのか？ アルを博士と呼ぶアンドロイド、レシェルの過去とは？ 全てが絡み合い、そして解けゆく。 エンターテイメントスペースオペラ、ここに爆誕！（？）