伊勢神宮が20年に一度行う、天照大神の社を建て替える式年遷宮。その「遷御の儀」の日、修学旅行の高校生、新木走太・宇津美天子・呉場友人の３人は内宮に忍び込む。その夜、旅館に戻った彼らを、見たことも無い怪物が襲ってくる。天才プラズマ学者の有畑や文部科学省の久遠寺里乃を巻き込んでの怪物から逃走は、神社本庁も絡んで、太陽消失事件へと展開していく。

――遙か昔、世にあやかしが溢れ、様々な物の怪が人を襲い、社会を混乱に陥れた。あやかしに対抗すべく、政府は瑞垣(みずがき)というあやかし退治の専門組織を結成する。現代でもその役割は秘密裏に脈々と受け継がれていた―― これは、そんな瑞垣の運命を背負ったひとりの少年の物語。 あやかしに対抗するため、愛する少女の命を天秤にかけた少年の選択は…… やや和風なファンタジーライトノベル。 (ここから先は途中までのネタバレを含みます) 　瑞垣の子であった不寺晴人は遷宮にまつわる最初の神事で、幼なじみの一条院葉月を神子にした。神子とはあやかしに対抗する秘儀であり、命を犠牲にしてあやかしを退治する人柱だった。晴人は葉月を神子にしたものの、様々な想いから七年経っても犠牲にすることができない。かたや晴人の異母兄弟である威彦は、神子を消耗品として扱い、二人は神子に対する考え方でたびたび衝突しあった。 　遷御を前に葉月を神子にした元凶である怨霊が再び晴人の前に姿を現す。その圧倒的な強さに葉月が死亡し、晴人も瀕死の重傷を負う。威彦の母である艶姫は晴人の体を呪術で支配し、式神として威彦に与えた。晴人の心は不寺家に伝わる神器であり、過去にイザナギが子のヒノカグツチを斬ったとされる十束剣に封じ込められた。 　とき同じくして末社の宮司の娘である葛切笑美は、窃盗団に盗まれた神社の神器を取り戻そうとしていた。捜索の末に神器を盗んだと思われる売買組織を突き止めるが、接触を計るには交渉材料として新たな神器が必要となった。笑美はやむなく不寺の神器を狙うが、神器の十束剣は式神となった晴人の手に渡ってしまう。 　十束剣を手にした晴人は己の心を取り戻し、同じく十束剣に霊魂を宿していたヒノカグツチの案内で葉月に会うため黄泉を訪れる。 　晴人、葉月、威彦、笑美、それぞれの思いを乗せて、遷御のときは刻一刻と迫ってゆく。