──この世に生きとし生けるものは全て神にって最悪な運命を辿る。 『終焉の邪神』の半身によって国もろとも滅ぼされた少年・ナイア。 死亡したはずのナイアは、終焉の邪神と敵対する謎の神に助けられ、アルティメットスキル『改変者』を授かる。 それは──生者であれば、【魂】死者であれば、【遺体・遺品】に触れることで対象者の記憶を入手し、【未来・過去】にタイムワープする力。 そして──過去・未来に起こる数多な事象を再現する力だった。 神にチャンスを与えられたナイアは、『終焉の邪神』の完全な復活を止めるべく眷属を探しに手始めとして隣国へと向かう。 その時とある少女に出会い依頼を受けるも、魔物の関与性を感じたナイアはタイムワープでシナリオ改変を行うのだが・・・ 改変により発生した様々な弊害がナイアを襲い、事態は大陸全土を巻き込む大事件へと発展していく── これは、全てを奪われた少年が邪神に報復するまでのシナリオ改変の物語。