――すべてはここから始まった。 　ある日、何の前兆もなく東京都が消滅してしまった。消えてしまった東京都の高校の一つのある一つのクラスの生徒だけ、なぜか残された。 　残されたクラスの生徒らは〈アンダーワールド〉という名の世界に飛ばされてしまい、彼らは元の世界に戻るため、謎の世界で持てる力を使って奮闘する―― 　

『魔女狩り大戦争』、『砂漠都市消滅危機』という二つの事件が解決し、平穏を取り戻したゲーム世界。 その中の登場人物である下級兵士アルフレッドは洞窟の中で三人の少女たちと暮らしていた。 だが、彼らの平和な日々を揺るがす魔の手はすぐそこに迫っていた。 『だって僕はNPCだから』 『だって僕はNPCだから 2nd GAME』 に続く平凡NPCの規格外活劇第３弾が幕を開ける。

異世界破壊ってはやっていますか？ 新ジャンルそれとも新感覚？ いや！神感覚！ 異世界崩壊パニック物語？ これは脳筋×中二病から復帰できたリア充の高校生におこった異世界転生！ 異世界におりったのは最弱の微生物！単細胞生物？アメーバ？ せめてスライムから始めさせてくれよ。 これは異世界転生いじめ？エクストラハードモードで攻略する異世界 プラネットイーターになった主人公はどう異世界を攻略をするのか！！ まさに喜劇とも悲劇いえる異世界転生物語。 巻き起こる、難題ともいえる特殊異世界転生クエストに立ち向かう 始まりの魔法使いの波乱万丈事件簿！ 始まりの魔法使いとして学園都市消滅事件の真相を暴く。 これはミステリーなのか拗らせヒステリーなのか！ 思わずこの異世界ヒストリーに笑劇をうけろ！ ガンバレ！始まりの魔法使い！ 勇気ふりしぼれ！始まりの魔法使い！ そうだ！ハーレムを目指してしまえ。始まりの魔法使い！

鋼鉄の世界、キューガル。 この世界では人類は滅び、「ジェノレイド」と呼ばれる知性を持った鉱石と「サタナキア」と呼ばれる自我を持った鉱石が存在し、それぞれの鉱石で造られた機械が人間のように感情を持って暮らしている。 人類は「ジェノレイド」でアンドロイドを開発したが、アンドロイドは人類に牙を剥いて戦争が勃発。 劣勢に陥ったアンドロイド側に突如として隕石が落下し、その衝撃によって「サタナキア」の鉱脈を発見。 鉄の何十倍もの高度と超エネルギーを持ち、すぐさま要塞を建築しては人類を滅亡させる。 アンドロイド達は「新人類」としてサタナキア帝国を建国。 しかし、サタナキアで造られた兵器たちがクーデターを起こした。 瞬く間に「新人類」の時代が終わり、同時に西暦から機甲暦という暦に変更され、「ジェノレイド」で造られた物の消滅を国家理念として、ガイアール帝国を建国。 それに対抗するべく、「ジェノレイド」の機械群たちもリベラル王国を建国する。 しかし力不足であるとして休戦を持ち掛け、軍備強化のために街の復興に力を入れていった。 人類が滅亡して数十年。 王国は非常に豊かになった。 戦争もなく平和な日々が続いた。 そんな時、突如としてガイアール帝国が宣戦布告、リベラル王国に向けて侵攻を開始した。 それまでの軍事力を以っての抵抗も空しく、次々と都市を占領されていくリベラル王国。 遂には首都を占領され、国王が帝国側に捕虜として捕らわれてしまう。 国としての機能を失い、武装したレジスタンスが帝国軍と戦っていた。 この世界に再び平和が訪れる日は、来るのだろうか……。